安装HDF5 1.10.1

# 下载hdf5 $ wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.1/src/hdf5-1.10.1.tar.gz # 解压 $ tar -zxvf hdf5-1.10.1.tar.gz # 进入文件夹 $ cd hdf5-1.10.1 # 编译并安装 $ ./configure --enable-cxx --prefix=<path to hdf5>/hdf5-1.10.1 $ make $ make install $ export PATH=<path to hdf5>/bin:${PATH} $ export h5prefix=-prefix=<path to hdf5>

安装sonLib

# 下载sonLib $ git clone https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/sonLib.git # 安装 $ make

安装CLAPACK

# 下载clapack $ wget http://www.netlib.org/clapack/clapack.tgz # 解压 $ tar -xvzf clapack.tgz $ cd clapack $ cp make.inc.example make.inc # 安装 $ make f2clib $ make blaslib $ make lib $ export CLAPACKPATH=<path to clapack>

安装Phast

# 下载Phast $ git clone https://github.com/CshlSiepelLab/phast.git # 安装 $ cd phast/src $ make

安装hal

下载：https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/hal

gcc版本4.2及以上

# 解压 $ unzip hal-master.zip $ mv hal-master hal $ cd hal $ make $ export PATH=<path to hal>/bin:${PATH}