Linux系统分为两种： 1.RedHat系列：Redhat、Centos、Fedora等
2.Debian系列：Debian、Ubuntu等
RedHat系列的包管理工具是yum
Debian系列的包管理工具是apt-get 查看系统版本 cat /proc/version
我这里是Centos 保证你的服务器上已经安装了R服务，没有安装的看我往期的文章。 进入R 服务： 运行： library(‘Seurat’)
如果提示没有这个包。执行安装命令： install.packages(“Seurat”) 也可以指定目录安装 install.packages(“Seurat”, lib=’/usr/lib64/R/library’)
今天使用Seurat包时，显示我的R版本太低，报警告： package ‘Seurat’ is not available (for R version 3.4.2)
这个包至少需要3.6 以上的版本，这里我走了一段弯路。 我查了如下的办法： 1。
对于此类问题解决方法，可以使用以下语句来解决： 进入R： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Seurat")2：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #指定一个离你最近的国内镜像 options(BioC_mirror="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN//packages/3.6/bio") biocLite("Seurat")3：
上述报错的大部分原因是网速无法打开这个包的url，所以在下载R包的时候，可以在后面添加上repos=‘https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/’，再下载就可以了。其实 https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/ 就是R官网的地址 install.packages("Seurat", repos="https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/")4：
先安装Bioconductor，再安装下载TCGA数据所需的各种包。 #安装Bioconductor if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") #检查是否安装Bioconductor成功 BiocManager::available() #下载所需的'Seurat'包 library('Seurat') BiocManager::install('Seurat') #也可以这样安装其他的TCGA下载包 install.packages('TCGAbiolinks') BiocManager::install('TCGAbiolinks')统统都没有解决！ 最后想了想升级一下R版本
#R的更新/安装 #参考链接：https://cran.r-project.org/ sudo yum install R sudo yum update R yum list R-\* which R #/usr/bin/R R --version # R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle" # ......这样版本是升上去了，但是又带出了一堆问题。
最后索性把R 全部卸载了，重新安装了一个R。
install.packages(“Seurat”) 这次成功了。
同使用help()查看包的信息，可以获得包的版本信息、示例数据信息和demo help(package =“Seurat”) 安装其他依赖：
install.packages(“cowplot”) install.packages(“ggplot2”) install.packages(“dplyr”)
install.packages(“xml2”) 报错：XML包 安装之 ERROR: configuration failed for package ‘XML’ 解决： yum install libxml2-devel
install.packages(“rvest”) install.packages(“tidyverse”) install.packages(“easypackages”)
